1. ฝ่ายบริหารทั่วไป (สธ 0506.01/) มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้
(1) งานธุรการ สารบรรณ และห้องประชุม
(2) งานการเงินและบัญชี และพัสดุ
(3) งานพัสดุ ครุภัณฑ์ และซ่อมบำรุง
(4) งานบริหารทรัพยากรบุคคล
(5) งานแผน โครงการ และการจัดทำงบประมาณ
(6) งานควบคุมภายใน บริหารความเสี่ยง และตัวชี้วัด
(7) งานช่วยอำนวยการและสนับสนุนผู้บริหาร
(8) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

2. กลุ่มงานนายทะเบียนและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย (สธ 0506.04/) มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้                 

(1) รับผิดชอบงานเลขานุการคณะกรรมการคุ้มครองฯ
(2) รับผิดชอบงานเลขานุการคณะกรรมการสรรหากรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการคุ้มครองฯ
(3) ดำเนินงานส่งเสริม สนับสนุนระบบและกลไกการดำเนินงานนายทะเบียนกลาง และนายทะเบียนจังหวัด และสนับสนุนการดำเนินงานตรวจราชการนิเทศ
(4) ดำเนินงานเร่งรัด กำกับติดตาม และรายงานผล การดำเนินงานตามมติคณะกรรมการคุ้มครองฯ
(5) ดำเนินงานประสานงานเพื่อสนับสนุนงบประมาณของสำนักงานนายทะเบียนจังหวัด           
(6) ดำเนินงานจัดทำแผน และสนับสนุนการจัดทำแผนงานโครงการเพื่อขับเคลื่อนภารกิจการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและแพทย์พื้นบ้านไทยและสมุนไพร
(7) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

3. กลุ่มงานเฝ้าระวังและพิทักษ์สิทธิภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร (สธ 0506.05/) มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้ 

(1) ดำเนินงานจดทะเบียนสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยส่วนบุคคล และบริหารจัดการกลไกการเข้าถึงและแบ่งปันผลประโยชน์ในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยส่วนบุคคล

(2) ดำเนินงานสืบค้น ตรวจสอบ กลั่นกรองข้อมูลสิทธิบัตรเพื่อป้องปรามการละเมิดสิทธิในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และสมุนไพรทั้งในและต่างประเทศ

(3) ดำเนินงานการขึ้นทะเบียนที่ดินที่เป็นถิ่นกำเนิดของสมุนไพรหรือที่จะใช้ปลูกสมุนไพร และการขอรับความช่วยเหลือหรือขอรับการสนับสนุนที่ดินที่ได้ขึ้นทะเบียน     

(4) ดำเนินงานจัดทำแผนจัดการเพื่อคุ้มครองสมุนไพร
หรือถิ่นกำเนิดสมุนไพรในเขตอนุรักษ์
และนอกเขตอนุลักษณ์     

(5) ดำเนินงานสนองพระราชดำริโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี       

(6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

4. กลุ่มงานคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร(สธ 0506.02/) มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้

4.1 ส่วนคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญา

(1) ดำเนินงานสำรวจ รวบรวม อนุรักษ์ และจัดทำทะเบียน
ภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติ และพิจารณากลั่นกรองการออกประกาศตำรับยาแผนไทยหรือตำราการแพทย์แผนไทยของชาติและทั่วไป

(2) ดำเนินงานบริหารจัดการกลไกการเข้าถึงการใช้ประโยชน์ในภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติ

(3) ดำเนินงานปริวรรต ถ่ายทอดสังคายนาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติ

(4) ดำเนินงานดูแลและพัฒนาระบบฐานข้อมูลภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติและส่วนบุคคล

(5) ดำเนินงานส่งเสริม พัฒนาองค์ความรู้ และถ่ายทอดเทคโนโลยีจากภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย

(6) ดำเนินงานสนับสนุน และส่งเสริมให้มีการใช้ประโยชน์จากภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร

(7) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

5. กลุ่มงานวิจัย มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้

(1) ดำเนินงานศึกษา วิเคราะห์ วิจัยหรือสนับสนุนให้เกิดการวิจัยเพื่อพัฒนาองค์ความรู้จากภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและถิ่นกำเนิดสมุนไพร

(2) ดำเนินงานจัดทำฐานข้อมูลงานวิจัยและพัฒนาด้านภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติและถิ่นกำเนิดสมุนไพร

(3) ดำเนินงานประสานความร่วมมือด้านการแพทย์พื้นบ้านไทยและการแพทย์แพทย์พื้นบ้านระหว่างประเทศ

(4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

6. กลุ่มงานพัฒนาภูมิปัญญาการแพทย์พื้นบ้านและยกระดับการรับรองหมอพื้นบ้าน(สธ 0506.06/) มีหน้าที่รับผิดชอบดังต่อไปนี้

(1) ดำเนินงานรับผิดชอบงานเลขานุการคณะกรรมการหมอพื้นบ้าน

(2) ดำเนินงานสนับสนุนการรับรองหมอพื้นบ้านในส่วนภูมิภาค

(3) ดำเนินงานพัฒนารูปแบบ ส่งเสริม สนับสนุน และเผยแพร่การเข้าถึงการบริการการแพทย์พื้นบ้านในระบบสุขภาพระดับปฐมภูมิ

(4) ดำเนินงานพัฒนาและผลักดันหมอพื้นบ้านที่ได้รับการรับรองสู่การเป็นแพทย์พื้นบ้าน ตามกฎหมายว่าด้วยวิชาชีพการแพทย์แผนไทย

(5) ดำเนินงานส่งเสริมสนับสนุน และพัฒนาศักยภาพหมอพื้นบ้าน และการเข้าถึงการมีส่วนร่วมของคนในชุมชน

(6) ดำเนินงานคัดเลือกและยกย่องเชิดชูเกียรติหมอไทยดีเด่นแห่งชาติ

(7) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย